Die Strecke Oberwinterthur - Etzwilen ist im Abschnitt Thalheim-Altikon - Stammheim normalerweise ohne Güterverkehr. Während der Sperrung der Rheinbrücke Feuerthalen werden die für die Seelinie bestimmten Güterwagen jedoch auf diesem Weg zugeführt (Thalheim-Altikon, 14.07.2004).